La Reforma fue el movimiento religioso que llevó al establecimiento del protestantismo. Martín Lutero lideró la rebelión contra la dominación espiritual, política y económica de la Iglesia Católica. En 1519 desafió abiertamente el poder del Papa; en 1520 quemó públicamente la orden del Papa de excomulgarle. Lutero tenía muchos seguidores y la batalla posterior entre católicos y protestantes fue feroz. En 1530 los luteranos se habían ganado el derecho de determinar la religión del pueblo bajo su gobierno. Sus creencias se pusieron de manifiesto en un documento presentado en la reunión convocada en Hamburgo por el emperador Carlos V, con el propósito de resolver las diferencias entre protestantes y católicos. Carlos y los católicos no podían aceptar las ideas de Lutero y la división entre las dos partes de la cristiandad se hizo permanente. El documento, conocido como la Confesión de Augsburgo, se convirtió en la manifestación fundamental de la fe protestante.

En un primer momento Lutero se interesó por los judíos. En 1523 escribió que los judíos "son consanguíneos de nuestro Señor... Debemos aplicar, no la ley del Papa, sino el amor cristiano y demostrar hacia ellos un espíritu amistoso". Desafortunadamente, la situación de los judíos no mejoró bajo la Reforma. Lutero creía que tratar a los judíos amablemente significaba convertirlos. Cuando estos se resistieron, se pusieron de manifiesto sus prejuicios contra ellos. En 1542 escribió, airado: "Si los judíos se niegan a convertirse, no debemos sufrirlos ni soportarlos más tiempo." Así que los judíos siguieron en sus ghettos, no sólo alejados del bienestar material sino también de la corriente principal de la ciencia, el arte y la cultura europeos. No fue sino hasta el siglo siguiente cuando pudieron romper las barreras religiosas y de clase para participar en la vida intelectual de Europa.

La figura a quien le cupo la mayor responsabilidad de este avance fue Moisés Mendelssohn. El filósofo se hizo íntimo amigo del dramaturgo Gotthold E. Lessing, que basó en él su famosa pieza teatral: Natán, el Sabio. Los intelectuales alemanes se quedaron primero muy sorprendidos pero también intrigados por el hecho de que Lessing se involucrara profundamente con un judío y escribiera una pieza sobre él en relación con los temas de la libertad y de la tolerancia. Como consecuencia, Mendelssohn fue aceptado por la intelligentsia. Su ensayo sobre la inmortalidad, escrito básicamente en alemán en lugar de idish, fue ampliamente leído; lo convirtió en un filósofo, incluso más respetado que Kant. Tradujo el Antiguo Testamento al alemán para beneficio de los judíos cuyo hebreo no era fluido. Creía que su pueblo era en primer lugar alemán y sólo en segundo término judío y sentía que todos los ritos religiosos debían llevarse a cabo en el lenguaje del pueblo en lugar del hebreo. El foco principal de la vida y la obra de Mendelssohn fue ayudar a su pueblo a abandonar los ghettos y unirse a la sociedad como iguales de los protestantes y de los católicos. No vivió para ver la realización de su sueño: murió en 1786 y la emancipación de los judíos en Alemania fue decretada oficialmente en 1812. Pero incluso entonces, los prejuicios siguieron siendo generalizados.

Uno de los nueve hijos de Moisés Mendelssohn fue Abraham, padre de Félix. Aunque Abraham tenía sólo 10 años cuando murió Moisés, aceptó el liberalismo judío de su padre. Así que, a la edad de 16 años, se unió a la Sociedad de los Amigos, dedicada a combatir la ortodoxia. Muchos de sus miembros hasta llegaron a hacerse bautizar. Cuando la emancipación oficial de los judíos en Alemania no logró liberar al país del antisemitismo, Abraham no vio ninguna contradicción en proteger a sus niños, haciéndolos bautizar como protestantes. De hecho, la esposa de Abraham había sido una fuerte defensora de la conversión durante años. El incluso siguió el trámite de hacerse bautizar varios años más tarde, pero continuó considerándose judío.

Félix fue criado como luterano. El, como su padre, mantuvo importantes lazos espirituales con el judaísmo, pero sus creencias eran totalmente protestantes. Era un humanista que a menudo defendía a los judíos y estaba orgulloso de su herencia, pero era también un protestante devoto que compuso manifestaciones de fe cristiana tales como Te Deum, Magníficat, himnos, motetes, cantatas, y la Sinfonía Reforma. Es realmente extraño que el nieto de un filósofo judío compusiera música cristiana, pero el liberalismo del abuelo llevó, aunque indirectamente, a la conversión del nieto.

Debido a su fe, en 1830 el compositor estaba ansioso de participar en la celebración del tricentenario de la Confesión de Augsburgo. Aunque sólo tenía 20 años, compuso una obra sinfónica grande y seria, conocida originariamente como Sinfonía para el Festival de la Reforma de la Iglesia. La mayor parte de sus primeros tres movimientos deriva de un motivo religioso conocido como "Dresden Amen", figura entendida como símbolo del Espíritu Santo. El movimiento final está basado en el famoso himno "A Mighty Fortress is Our God" (Poderosa Fortaleza es Nuestro Señor"), escrito por Lutero.

La celebración para la cual fue escrita la sinfonía se canceló. Un año más tarde la pieza fue estrenada en París, pero los músicos reaccionaron tan negativamente que no se pudo interpretar. Fue tocada finalmente en 1832, pero el compositor tuvo de ella una pobre opinión. Llamó al primer movimiento "un gordo animal erizado". Más tarde dijo: "No puedo soportarla más y desearía quemarla más que a ninguna otra de mis piezas; nunca debe publicarse." Así que no fue impresa hasta 21 años después de la muerte de Mendelssohn, cuando debió ser denominada Sinfonía Número 5, ya que las sinfonías compuestas posteriormente ya habían sido publicadas con los números 3 y 4.

Mendelssohn estaba profundamente interesado en la música de Bach y la Sinfonía Reforma puede ser considerada como un homenaje al espíritu religioso del antiguo maestro y a su maestría contrapuntística. La introducción de tipo coral, que abre casi como una fuga, debe mucho a Bach. El Dresden Amen se escucha dos veces en las cuerdas justo antes de que el andante conduzca al allegro. El contrapunto al estilo de Bach se escucha en gran parte del primer movimiento.

El segundo movimiento es la única parte de la sinfonía que refleja el estilo liviano y delicado de Mendelssohn. El movimiento es un scherzo, muy sueltamente derivado (por inversión) del motivo Dresden Amen. El breve movimiento lento conduce directamente al final.

En la apertura del último movimiento, un solo de flauta entona la melodía del himno de Lutero, que está desarrollada en un contrapunto imitativo. Más tarde en el movimiento regresa el himno en los bronces, como un cantus firmus. La obra termina con una manifestación plena del himno, simplemente armonizado a la manera coral.